Bioimage Data Analysis Workflows ‒ Advanced Components and Methods
This open access textbook aims at providing detailed explanations on how to design and construct image analysis workflows to successfully conduct bioimage analysis. Addressing the main challenges in image data analysis, where acquisition by powerful imaging devices results in very large amounts of c...
Ausführliche Beschreibung
Gespeichert in:
| Autor*in: |
Miura, Kota [herausgeberIn] Sladoje, Nataša [herausgeberIn] |
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| Format: |
E-Book |
|---|---|
| Sprache: |
Unbestimmt |
| Erschienen: |
Cham: Springer Nature ; 2022 |
|---|
| Rechteinformationen: |
Open Access Creative Commons ; by/4.0 |
|---|
| Schlagwörter: |
|---|
| Umfang: |
1 Online-Ressource (212 p.) |
|---|
| Reihe: |
Learning Materials in Biosciences |
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| Links: | |
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| ISBN: |
978-3-030-76394-7 |
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| 520 | |a This open access textbook aims at providing detailed explanations on how to design and construct image analysis workflows to successfully conduct bioimage analysis. Addressing the main challenges in image data analysis, where acquisition by powerful imaging devices results in very large amounts of collected image data, the book discusses techniques relying on batch and GPU programming, as well as on powerful deep learning-based algorithms. In addition, downstream data processing techniques are introduced, such as Python libraries for data organization, plotting, and visualizations. Finally, by studying the way individual unique ideas are implemented in the workflows, readers are carefully guided through how the parameters driving biological systems are revealed by analyzing image data. These studies include segmentation of plant tissue epidermis, analysis of the spatial pattern of the eye development in fruit flies, and the analysis of collective cell migration dynamics. The presented content extends the Bioimage Data Analysis Workflows textbook (Miura, Sladoje, 2020), published in this same series, with new contributions and advanced material, while preserving the well-appreciated pedagogical approach adopted and promoted during the training schools for bioimage analysis organized within NEUBIAS - the Network of European Bioimage Analysts. This textbook is intended for advanced students in various fields of the life sciences and biomedicine, as well as staff scientists and faculty members who conduct regular quantitative analyses of microscopy images | ||
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In addition, downstream data processing techniques are introduced, such as Python libraries for data organization, plotting, and visualizations. Finally, by studying the way individual unique ideas are implemented in the workflows, readers are carefully guided through how the parameters driving biological systems are revealed by analyzing image data. These studies include segmentation of plant tissue epidermis, analysis of the spatial pattern of the eye development in fruit flies, and the analysis of collective cell migration dynamics. The presented content extends the Bioimage Data Analysis Workflows textbook (Miura, Sladoje, 2020), published in this same series, with new contributions and advanced material, while preserving the well-appreciated pedagogical approach adopted and promoted during the training schools for bioimage analysis organized within NEUBIAS - the Network of European Bioimage Analysts. This textbook is intended for advanced students in various fields of the life sciences and biomedicine, as well as staff scientists and faculty members who conduct regular quantitative analyses of microscopy images Creative Commons by/4.0 cc English Cellular biology (cytology) Molecular biology Analytical chemistry Biology, life sciences Miura, Kota herausgeberin edt Sladoje, Nataša herausgeberin edt https://directory.doabooks.org/handle/20.500.12854/92877 X:DOAB Verlag kostenfrei ZDB-94-OAB GBV_ILN_11 ISIL_DE-1a SYSFLAG_1 GBV_KXP SSG-OLC-PHA GBV_ILN_20 ISIL_DE-84 GBV_ILN_22 ISIL_DE-18 GBV_ILN_23 ISIL_DE-830 GBV_ILN_24 ISIL_DE-8 GBV_ILN_30 ISIL_DE-104 GBV_ILN_31 ISIL_DE-27 GBV_ILN_39 ISIL_DE-547 GBV_ILN_40 ISIL_DE-7 GBV_ILN_60 ISIL_DE-705 GBV_ILN_63 ISIL_DE-Wim2 GBV_ILN_65 ISIL_DE-3 GBV_ILN_70 ISIL_DE-89 GBV_ILN_72 ISIL_DE-35 GBV_ILN_90 ISIL_DE-Hil2 GBV_ILN_91 ISIL_DE-HIL3 GBV_ILN_92 ISIL_DE-33 GBV_ILN_95 ISIL_DE-542 GBV_ILN_105 ISIL_DE-841 GBV_ILN_110 ISIL_DE-Luen4 GBV_ILN_130 ISIL_DE-700 GBV_ILN_131 ISIL_DE-Va1 GBV_ILN_132 ISIL_DE-959 GBV_ILN_136 ISIL_DE-Wis1 GBV_ILN_147 ISIL_DE-Fl3 GBV_ILN_161 ISIL_DE-960 GBV_ILN_213 ISIL_DE-551 GBV_ILN_230 ISIL_DE-552 GBV_ILN_283 ISIL_DE-Ha163 GBV_ILN_285 ISIL_DE-517 GBV_ILN_293 ISIL_DE-960-3 GBV_ILN_370 ISIL_DE-1373 GBV_ILN_635 ISIL_DE-B2138 GBV_ILN_808 GBV_ILN_2011 ISIL_DE-16 GBV_ILN_2014 ISIL_DE-90 GBV_ILN_2018 ISIL_DE-31 GBV_ILN_2034 ISIL_DE-Rt2 GBV_ILN_2037 ISIL_DE-747 GBV_ILN_2050 ISIL_DE-Zi4 GBV_ILN_2108 ISIL_DE-991 GBV_ILN_2403 ISIL_DE-LFER BO 11 01 0001 4258559512 00 5:LIZFREI --%%-- --%%-- --%%-- k 01-02-23 20 01 0084 4259709291 OLR-DOAB z 01-02-23 22 01 0018 4258885886 OLR-ZDB-94-OAB DOAB Directory of Open Access Books zu 01-02-23 23 01 0830 4259371746 olr-doab f z 01-02-23 24 01 0008 4260357891 OLR-doab z 01-02-23 30 01 0104 4259870483 OLR-OAB Open Access, Directory of Open Access Books (DOAB) z 01-02-23 31 01 0027 4259046438 OLR-DOAB z 01-02-23 39 01 0547 4260033085 OLR-ZDB-94-OAB ke 01-02-23 40 01 0007 4258725315 OLR-DOAB xsn 01-02-23 60 01 0705 4276471524 OPENAccess Vervielfältigungen (z.B. 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In addition, downstream data processing techniques are introduced, such as Python libraries for data organization, plotting, and visualizations. Finally, by studying the way individual unique ideas are implemented in the workflows, readers are carefully guided through how the parameters driving biological systems are revealed by analyzing image data. These studies include segmentation of plant tissue epidermis, analysis of the spatial pattern of the eye development in fruit flies, and the analysis of collective cell migration dynamics. The presented content extends the Bioimage Data Analysis Workflows textbook (Miura, Sladoje, 2020), published in this same series, with new contributions and advanced material, while preserving the well-appreciated pedagogical approach adopted and promoted during the training schools for bioimage analysis organized within NEUBIAS - the Network of European Bioimage Analysts. This textbook is intended for advanced students in various fields of the life sciences and biomedicine, as well as staff scientists and faculty members who conduct regular quantitative analyses of microscopy images Creative Commons by/4.0 cc English Cellular biology (cytology) Molecular biology Analytical chemistry Biology, life sciences Miura, Kota herausgeberin edt Sladoje, Nataša herausgeberin edt https://directory.doabooks.org/handle/20.500.12854/92877 X:DOAB Verlag kostenfrei ZDB-94-OAB GBV_ILN_11 ISIL_DE-1a SYSFLAG_1 GBV_KXP SSG-OLC-PHA GBV_ILN_20 ISIL_DE-84 GBV_ILN_22 ISIL_DE-18 GBV_ILN_23 ISIL_DE-830 GBV_ILN_24 ISIL_DE-8 GBV_ILN_30 ISIL_DE-104 GBV_ILN_31 ISIL_DE-27 GBV_ILN_39 ISIL_DE-547 GBV_ILN_40 ISIL_DE-7 GBV_ILN_60 ISIL_DE-705 GBV_ILN_63 ISIL_DE-Wim2 GBV_ILN_65 ISIL_DE-3 GBV_ILN_70 ISIL_DE-89 GBV_ILN_72 ISIL_DE-35 GBV_ILN_90 ISIL_DE-Hil2 GBV_ILN_91 ISIL_DE-HIL3 GBV_ILN_92 ISIL_DE-33 GBV_ILN_95 ISIL_DE-542 GBV_ILN_105 ISIL_DE-841 GBV_ILN_110 ISIL_DE-Luen4 GBV_ILN_130 ISIL_DE-700 GBV_ILN_131 ISIL_DE-Va1 GBV_ILN_132 ISIL_DE-959 GBV_ILN_136 ISIL_DE-Wis1 GBV_ILN_147 ISIL_DE-Fl3 GBV_ILN_161 ISIL_DE-960 GBV_ILN_213 ISIL_DE-551 GBV_ILN_230 ISIL_DE-552 GBV_ILN_283 ISIL_DE-Ha163 GBV_ILN_285 ISIL_DE-517 GBV_ILN_293 ISIL_DE-960-3 GBV_ILN_370 ISIL_DE-1373 GBV_ILN_635 ISIL_DE-B2138 GBV_ILN_808 GBV_ILN_2011 ISIL_DE-16 GBV_ILN_2014 ISIL_DE-90 GBV_ILN_2018 ISIL_DE-31 GBV_ILN_2034 ISIL_DE-Rt2 GBV_ILN_2037 ISIL_DE-747 GBV_ILN_2050 ISIL_DE-Zi4 GBV_ILN_2108 ISIL_DE-991 GBV_ILN_2403 ISIL_DE-LFER BO 11 01 0001 4258559512 00 5:LIZFREI --%%-- --%%-- --%%-- k 01-02-23 20 01 0084 4259709291 OLR-DOAB z 01-02-23 22 01 0018 4258885886 OLR-ZDB-94-OAB DOAB Directory of Open Access Books zu 01-02-23 23 01 0830 4259371746 olr-doab f z 01-02-23 24 01 0008 4260357891 OLR-doab z 01-02-23 30 01 0104 4259870483 OLR-OAB Open Access, Directory of Open Access Books (DOAB) z 01-02-23 31 01 0027 4259046438 OLR-DOAB z 01-02-23 39 01 0547 4260033085 OLR-ZDB-94-OAB ke 01-02-23 40 01 0007 4258725315 OLR-DOAB xsn 01-02-23 60 01 0705 4276471524 OPENAccess Vervielfältigungen (z.B. 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Nur für Angehörige der HSU: Volltextzugang von außerhalb des Campus mit Anmeldung über Shibboleth mit Ihrer Bibliothekskennung z 25-02-23 63 01 3401 4261044048 E-Books LF GBV-DOAB z 01-02-23 65 01 0003 4261245477 OLR-DOAB Nach dem deutschen Urheberrecht darf das Werk bzw. der Inhalt zum eigenen Gebrauch kostenfrei heruntergeladen, konsumiert, gespeichert oder ausgedruckt, nicht jedoch im Internet bereitgestellt oder an Außenstehende weitergegeben werden! z 01-02-23 70 01 0089 4259207016 OLR-DOAB-OA DOAB Directory of Open Access Books z 01-02-23 72 01 0035 4256357572 OLR-ZDB-94-OAB DOAB Directory of Open Access Books z 31-01-23 90 01 3090 4260194933 OLR-HILoapen z 01-02-23 91 01 3091 4256695346 OLR-DOAB DOAB Directory of Open Access Books z 01-02-23 92 01 0033 4258238236 OLR-Open Access DOAB Vervielfältigungen (z.B. Kopien, Downloads) sind nur von einzelnen Kapiteln oder Seiten und nur zum eigenen wissenschaftlichen Gebrauch erlaubt. 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In addition, downstream data processing techniques are introduced, such as Python libraries for data organization, plotting, and visualizations. Finally, by studying the way individual unique ideas are implemented in the workflows, readers are carefully guided through how the parameters driving biological systems are revealed by analyzing image data. These studies include segmentation of plant tissue epidermis, analysis of the spatial pattern of the eye development in fruit flies, and the analysis of collective cell migration dynamics. The presented content extends the Bioimage Data Analysis Workflows textbook (Miura, Sladoje, 2020), published in this same series, with new contributions and advanced material, while preserving the well-appreciated pedagogical approach adopted and promoted during the training schools for bioimage analysis organized within NEUBIAS - the Network of European Bioimage Analysts. This textbook is intended for advanced students in various fields of the life sciences and biomedicine, as well as staff scientists and faculty members who conduct regular quantitative analyses of microscopy images Creative Commons by/4.0 cc English Cellular biology (cytology) Molecular biology Analytical chemistry Biology, life sciences Miura, Kota herausgeberin edt Sladoje, Nataša herausgeberin edt https://directory.doabooks.org/handle/20.500.12854/92877 X:DOAB Verlag kostenfrei ZDB-94-OAB GBV_ILN_11 ISIL_DE-1a SYSFLAG_1 GBV_KXP SSG-OLC-PHA GBV_ILN_20 ISIL_DE-84 GBV_ILN_22 ISIL_DE-18 GBV_ILN_23 ISIL_DE-830 GBV_ILN_24 ISIL_DE-8 GBV_ILN_30 ISIL_DE-104 GBV_ILN_31 ISIL_DE-27 GBV_ILN_39 ISIL_DE-547 GBV_ILN_40 ISIL_DE-7 GBV_ILN_60 ISIL_DE-705 GBV_ILN_63 ISIL_DE-Wim2 GBV_ILN_65 ISIL_DE-3 GBV_ILN_70 ISIL_DE-89 GBV_ILN_72 ISIL_DE-35 GBV_ILN_90 ISIL_DE-Hil2 GBV_ILN_91 ISIL_DE-HIL3 GBV_ILN_92 ISIL_DE-33 GBV_ILN_95 ISIL_DE-542 GBV_ILN_105 ISIL_DE-841 GBV_ILN_110 ISIL_DE-Luen4 GBV_ILN_130 ISIL_DE-700 GBV_ILN_131 ISIL_DE-Va1 GBV_ILN_132 ISIL_DE-959 GBV_ILN_136 ISIL_DE-Wis1 GBV_ILN_147 ISIL_DE-Fl3 GBV_ILN_161 ISIL_DE-960 GBV_ILN_213 ISIL_DE-551 GBV_ILN_230 ISIL_DE-552 GBV_ILN_283 ISIL_DE-Ha163 GBV_ILN_285 ISIL_DE-517 GBV_ILN_293 ISIL_DE-960-3 GBV_ILN_370 ISIL_DE-1373 GBV_ILN_635 ISIL_DE-B2138 GBV_ILN_808 GBV_ILN_2011 ISIL_DE-16 GBV_ILN_2014 ISIL_DE-90 GBV_ILN_2018 ISIL_DE-31 GBV_ILN_2034 ISIL_DE-Rt2 GBV_ILN_2037 ISIL_DE-747 GBV_ILN_2050 ISIL_DE-Zi4 GBV_ILN_2108 ISIL_DE-991 GBV_ILN_2403 ISIL_DE-LFER BO 11 01 0001 4258559512 00 5:LIZFREI --%%-- --%%-- --%%-- k 01-02-23 20 01 0084 4259709291 OLR-DOAB z 01-02-23 22 01 0018 4258885886 OLR-ZDB-94-OAB DOAB Directory of Open Access Books zu 01-02-23 23 01 0830 4259371746 olr-doab f z 01-02-23 24 01 0008 4260357891 OLR-doab z 01-02-23 30 01 0104 4259870483 OLR-OAB Open Access, Directory of Open Access Books (DOAB) z 01-02-23 31 01 0027 4259046438 OLR-DOAB z 01-02-23 39 01 0547 4260033085 OLR-ZDB-94-OAB ke 01-02-23 40 01 0007 4258725315 OLR-DOAB xsn 01-02-23 60 01 0705 4276471524 OPENAccess Vervielfältigungen (z.B. 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In addition, downstream data processing techniques are introduced, such as Python libraries for data organization, plotting, and visualizations. Finally, by studying the way individual unique ideas are implemented in the workflows, readers are carefully guided through how the parameters driving biological systems are revealed by analyzing image data. These studies include segmentation of plant tissue epidermis, analysis of the spatial pattern of the eye development in fruit flies, and the analysis of collective cell migration dynamics. The presented content extends the Bioimage Data Analysis Workflows textbook (Miura, Sladoje, 2020), published in this same series, with new contributions and advanced material, while preserving the well-appreciated pedagogical approach adopted and promoted during the training schools for bioimage analysis organized within NEUBIAS - the Network of European Bioimage Analysts. This textbook is intended for advanced students in various fields of the life sciences and biomedicine, as well as staff scientists and faculty members who conduct regular quantitative analyses of microscopy images Creative Commons by/4.0 cc English Cellular biology (cytology) Molecular biology Analytical chemistry Biology, life sciences Miura, Kota herausgeberin edt Sladoje, Nataša herausgeberin edt https://directory.doabooks.org/handle/20.500.12854/92877 X:DOAB Verlag kostenfrei ZDB-94-OAB GBV_ILN_11 ISIL_DE-1a SYSFLAG_1 GBV_KXP SSG-OLC-PHA GBV_ILN_20 ISIL_DE-84 GBV_ILN_22 ISIL_DE-18 GBV_ILN_23 ISIL_DE-830 GBV_ILN_24 ISIL_DE-8 GBV_ILN_30 ISIL_DE-104 GBV_ILN_31 ISIL_DE-27 GBV_ILN_39 ISIL_DE-547 GBV_ILN_40 ISIL_DE-7 GBV_ILN_60 ISIL_DE-705 GBV_ILN_63 ISIL_DE-Wim2 GBV_ILN_65 ISIL_DE-3 GBV_ILN_70 ISIL_DE-89 GBV_ILN_72 ISIL_DE-35 GBV_ILN_90 ISIL_DE-Hil2 GBV_ILN_91 ISIL_DE-HIL3 GBV_ILN_92 ISIL_DE-33 GBV_ILN_95 ISIL_DE-542 GBV_ILN_105 ISIL_DE-841 GBV_ILN_110 ISIL_DE-Luen4 GBV_ILN_130 ISIL_DE-700 GBV_ILN_131 ISIL_DE-Va1 GBV_ILN_132 ISIL_DE-959 GBV_ILN_136 ISIL_DE-Wis1 GBV_ILN_147 ISIL_DE-Fl3 GBV_ILN_161 ISIL_DE-960 GBV_ILN_213 ISIL_DE-551 GBV_ILN_230 ISIL_DE-552 GBV_ILN_283 ISIL_DE-Ha163 GBV_ILN_285 ISIL_DE-517 GBV_ILN_293 ISIL_DE-960-3 GBV_ILN_370 ISIL_DE-1373 GBV_ILN_635 ISIL_DE-B2138 GBV_ILN_808 GBV_ILN_2011 ISIL_DE-16 GBV_ILN_2014 ISIL_DE-90 GBV_ILN_2018 ISIL_DE-31 GBV_ILN_2034 ISIL_DE-Rt2 GBV_ILN_2037 ISIL_DE-747 GBV_ILN_2050 ISIL_DE-Zi4 GBV_ILN_2108 ISIL_DE-991 GBV_ILN_2403 ISIL_DE-LFER BO 11 01 0001 4258559512 00 5:LIZFREI --%%-- --%%-- --%%-- k 01-02-23 20 01 0084 4259709291 OLR-DOAB z 01-02-23 22 01 0018 4258885886 OLR-ZDB-94-OAB DOAB Directory of Open Access Books zu 01-02-23 23 01 0830 4259371746 olr-doab f z 01-02-23 24 01 0008 4260357891 OLR-doab z 01-02-23 30 01 0104 4259870483 OLR-OAB Open Access, Directory of Open Access Books (DOAB) z 01-02-23 31 01 0027 4259046438 OLR-DOAB z 01-02-23 39 01 0547 4260033085 OLR-ZDB-94-OAB ke 01-02-23 40 01 0007 4258725315 OLR-DOAB xsn 01-02-23 60 01 0705 4276471524 OPENAccess Vervielfältigungen (z.B. 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Nur für Angehörige der HSU: Volltextzugang von außerhalb des Campus mit Anmeldung über Shibboleth mit Ihrer Bibliothekskennung z 25-02-23 63 01 3401 4261044048 E-Books LF GBV-DOAB z 01-02-23 65 01 0003 4261245477 OLR-DOAB Nach dem deutschen Urheberrecht darf das Werk bzw. der Inhalt zum eigenen Gebrauch kostenfrei heruntergeladen, konsumiert, gespeichert oder ausgedruckt, nicht jedoch im Internet bereitgestellt oder an Außenstehende weitergegeben werden! z 01-02-23 70 01 0089 4259207016 OLR-DOAB-OA DOAB Directory of Open Access Books z 01-02-23 72 01 0035 4256357572 OLR-ZDB-94-OAB DOAB Directory of Open Access Books z 31-01-23 90 01 3090 4260194933 OLR-HILoapen z 01-02-23 91 01 3091 4256695346 OLR-DOAB DOAB Directory of Open Access Books z 01-02-23 92 01 0033 4258238236 OLR-Open Access DOAB Vervielfältigungen (z.B. Kopien, Downloads) sind nur von einzelnen Kapiteln oder Seiten und nur zum eigenen wissenschaftlichen Gebrauch erlaubt. 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In addition, downstream data processing techniques are introduced, such as Python libraries for data organization, plotting, and visualizations. Finally, by studying the way individual unique ideas are implemented in the workflows, readers are carefully guided through how the parameters driving biological systems are revealed by analyzing image data. These studies include segmentation of plant tissue epidermis, analysis of the spatial pattern of the eye development in fruit flies, and the analysis of collective cell migration dynamics. The presented content extends the Bioimage Data Analysis Workflows textbook (Miura, Sladoje, 2020), published in this same series, with new contributions and advanced material, while preserving the well-appreciated pedagogical approach adopted and promoted during the training schools for bioimage analysis organized within NEUBIAS - the Network of European Bioimage Analysts. This textbook is intended for advanced students in various fields of the life sciences and biomedicine, as well as staff scientists and faculty members who conduct regular quantitative analyses of microscopy images Creative Commons by/4.0 cc English Cellular biology (cytology) Molecular biology Analytical chemistry Biology, life sciences Miura, Kota herausgeberin edt Sladoje, Nataša herausgeberin edt https://directory.doabooks.org/handle/20.500.12854/92877 X:DOAB Verlag kostenfrei ZDB-94-OAB GBV_ILN_11 ISIL_DE-1a SYSFLAG_1 GBV_KXP SSG-OLC-PHA GBV_ILN_20 ISIL_DE-84 GBV_ILN_22 ISIL_DE-18 GBV_ILN_23 ISIL_DE-830 GBV_ILN_24 ISIL_DE-8 GBV_ILN_30 ISIL_DE-104 GBV_ILN_31 ISIL_DE-27 GBV_ILN_39 ISIL_DE-547 GBV_ILN_40 ISIL_DE-7 GBV_ILN_60 ISIL_DE-705 GBV_ILN_63 ISIL_DE-Wim2 GBV_ILN_65 ISIL_DE-3 GBV_ILN_70 ISIL_DE-89 GBV_ILN_72 ISIL_DE-35 GBV_ILN_90 ISIL_DE-Hil2 GBV_ILN_91 ISIL_DE-HIL3 GBV_ILN_92 ISIL_DE-33 GBV_ILN_95 ISIL_DE-542 GBV_ILN_105 ISIL_DE-841 GBV_ILN_110 ISIL_DE-Luen4 GBV_ILN_130 ISIL_DE-700 GBV_ILN_131 ISIL_DE-Va1 GBV_ILN_132 ISIL_DE-959 GBV_ILN_136 ISIL_DE-Wis1 GBV_ILN_147 ISIL_DE-Fl3 GBV_ILN_161 ISIL_DE-960 GBV_ILN_213 ISIL_DE-551 GBV_ILN_230 ISIL_DE-552 GBV_ILN_283 ISIL_DE-Ha163 GBV_ILN_285 ISIL_DE-517 GBV_ILN_293 ISIL_DE-960-3 GBV_ILN_370 ISIL_DE-1373 GBV_ILN_635 ISIL_DE-B2138 GBV_ILN_808 GBV_ILN_2011 ISIL_DE-16 GBV_ILN_2014 ISIL_DE-90 GBV_ILN_2018 ISIL_DE-31 GBV_ILN_2034 ISIL_DE-Rt2 GBV_ILN_2037 ISIL_DE-747 GBV_ILN_2050 ISIL_DE-Zi4 GBV_ILN_2108 ISIL_DE-991 GBV_ILN_2403 ISIL_DE-LFER BO 11 01 0001 4258559512 00 5:LIZFREI --%%-- --%%-- --%%-- k 01-02-23 20 01 0084 4259709291 OLR-DOAB z 01-02-23 22 01 0018 4258885886 OLR-ZDB-94-OAB DOAB Directory of Open Access Books zu 01-02-23 23 01 0830 4259371746 olr-doab f z 01-02-23 24 01 0008 4260357891 OLR-doab z 01-02-23 30 01 0104 4259870483 OLR-OAB Open Access, Directory of Open Access Books (DOAB) z 01-02-23 31 01 0027 4259046438 OLR-DOAB z 01-02-23 39 01 0547 4260033085 OLR-ZDB-94-OAB ke 01-02-23 40 01 0007 4258725315 OLR-DOAB xsn 01-02-23 60 01 0705 4276471524 OPENAccess Vervielfältigungen (z.B. 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Nur für Angehörige der HSU: Volltextzugang von außerhalb des Campus mit Anmeldung über Shibboleth mit Ihrer Bibliothekskennung z 25-02-23 63 01 3401 4261044048 E-Books LF GBV-DOAB z 01-02-23 65 01 0003 4261245477 OLR-DOAB Nach dem deutschen Urheberrecht darf das Werk bzw. der Inhalt zum eigenen Gebrauch kostenfrei heruntergeladen, konsumiert, gespeichert oder ausgedruckt, nicht jedoch im Internet bereitgestellt oder an Außenstehende weitergegeben werden! z 01-02-23 70 01 0089 4259207016 OLR-DOAB-OA DOAB Directory of Open Access Books z 01-02-23 72 01 0035 4256357572 OLR-ZDB-94-OAB DOAB Directory of Open Access Books z 31-01-23 90 01 3090 4260194933 OLR-HILoapen z 01-02-23 91 01 3091 4256695346 OLR-DOAB DOAB Directory of Open Access Books z 01-02-23 92 01 0033 4258238236 OLR-Open Access DOAB Vervielfältigungen (z.B. Kopien, Downloads) sind nur von einzelnen Kapiteln oder Seiten und nur zum eigenen wissenschaftlichen Gebrauch erlaubt. 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Addressing the main challenges in image data analysis, where acquisition by powerful imaging devices results in very large amounts of collected image data, the book discusses techniques relying on batch and GPU programming, as well as on powerful deep learning-based algorithms. In addition, downstream data processing techniques are introduced, such as Python libraries for data organization, plotting, and visualizations. Finally, by studying the way individual unique ideas are implemented in the workflows, readers are carefully guided through how the parameters driving biological systems are revealed by analyzing image data. These studies include segmentation of plant tissue epidermis, analysis of the spatial pattern of the eye development in fruit flies, and the analysis of collective cell migration dynamics. The presented content extends the Bioimage Data Analysis Workflows textbook (Miura, Sladoje, 2020), published in this same series, with new contributions and advanced material, while preserving the well-appreciated pedagogical approach adopted and promoted during the training schools for bioimage analysis organized within NEUBIAS - the Network of European Bioimage Analysts. This textbook is intended for advanced students in various fields of the life sciences and biomedicine, as well as staff scientists and faculty members who conduct regular quantitative analyses of microscopy images</subfield></datafield><datafield tag="540" ind1=" " ind2=" "><subfield code="a">Creative Commons</subfield><subfield code="f">by/4.0</subfield><subfield code="2">cc</subfield></datafield><datafield tag="546" ind1=" " ind2=" "><subfield code="a">English</subfield></datafield><datafield tag="650" ind1=" " ind2="4"><subfield code="a">Cellular biology (cytology)</subfield></datafield><datafield tag="650" ind1=" " ind2="4"><subfield code="a">Molecular biology</subfield></datafield><datafield tag="650" ind1=" " ind2="4"><subfield code="a">Analytical chemistry</subfield></datafield><datafield tag="650" ind1=" " ind2="4"><subfield code="a">Biology, life sciences</subfield></datafield><datafield tag="700" ind1="1" ind2=" "><subfield code="a">Miura, Kota</subfield><subfield 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Kopien, Downloads) sind nur von einzelnen Kapiteln oder Seiten und nur zum eigenen wissenschaftlichen Gebrauch erlaubt. Keine Weitergabe an Dritte. 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Die Weitergabe an Dritte sowie systematisches Downloaden sind untersagt.</subfield><subfield code="y">z</subfield><subfield code="z">24-06-23</subfield></datafield><datafield tag="980" ind1=" " ind2=" "><subfield code="2">105</subfield><subfield code="1">01</subfield><subfield code="x">0841</subfield><subfield code="b">4261590255</subfield><subfield code="h">OLR-OAB</subfield><subfield code="k">Vervielfältigungen (z.B. Kopien, Downloads) sind nur von einzelnen Kapiteln oder Seiten und nur zum eigenen wissenschaftlichen Gebrauch erlaubt. Die Weitergabe an Dritte sowie systematisches Downloaden sind untersagt.</subfield><subfield code="y">z</subfield><subfield code="z">01-02-23</subfield></datafield><datafield tag="980" ind1=" " ind2=" "><subfield code="2">110</subfield><subfield code="1">01</subfield><subfield code="x">3110</subfield><subfield code="b">426053405X</subfield><subfield code="h">OLR-DOAB</subfield><subfield code="k">Vervielfältigungen (z.B. Kopien, Downloads) sind nur von einzelnen Kapiteln oder Seiten und nur zum eigenen wissenschaftlichen Gebrauch erlaubt. Die Weitergabe an Dritte sowie systematisches Downloaden sind untersagt.</subfield><subfield code="k">Open Access</subfield><subfield code="y">z</subfield><subfield code="z">01-02-23</subfield></datafield><datafield tag="980" ind1=" " ind2=" "><subfield code="2">130</subfield><subfield code="1">01</subfield><subfield code="x">0700</subfield><subfield code="b">426071032X</subfield><subfield code="h">OLR-DOAB</subfield><subfield code="y">z</subfield><subfield code="z">01-02-23</subfield></datafield><datafield tag="980" ind1=" " ind2=" "><subfield code="2">131</subfield><subfield code="1">01</subfield><subfield code="x">3131</subfield><subfield code="b">4466782237</subfield><subfield code="h">OLR-OA-DOAB</subfield><subfield code="k">Bitte beachten Sie die Nutzungsbedingungen und Copyright-Bestimmungen des Verlages/Herausgebers.</subfield><subfield code="y">z</subfield><subfield code="z">23-01-24</subfield></datafield><datafield tag="980" ind1=" " ind2=" "><subfield code="2">132</subfield><subfield code="1">01</subfield><subfield code="x">0959</subfield><subfield code="b">425616104X</subfield><subfield code="h">OLR-OAB</subfield><subfield code="u">Open Access</subfield><subfield code="y">x</subfield><subfield code="z">31-01-23</subfield></datafield><datafield tag="980" ind1=" " ind2=" "><subfield code="2">136</subfield><subfield code="1">01</subfield><subfield code="x">3526</subfield><subfield code="b">4257959908</subfield><subfield code="h">OLR-DOAB</subfield><subfield code="y">z</subfield><subfield code="z">01-02-23</subfield></datafield><datafield tag="980" ind1=" " ind2=" "><subfield code="2">147</subfield><subfield code="1">01</subfield><subfield code="x">3528</subfield><subfield code="b">4261417650</subfield><subfield code="h">OLR-DOAB</subfield><subfield code="k">frei verfügbar für Europa-Universität Flensburg, Hochschule Flensburg und Zentrale Hochschulbibliothek</subfield><subfield code="k">Vervielfältigungen (z.B. 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Die Weitergabe an Dritte sowie systematisches Downloaden sind untersagt.</subfield><subfield code="y">z</subfield><subfield code="z">01-02-23</subfield></datafield><datafield tag="980" ind1=" " ind2=" "><subfield code="2">161</subfield><subfield code="1">01</subfield><subfield code="x">0960</subfield><subfield code="b">425574226X</subfield><subfield code="h">OLR-DOAB</subfield><subfield code="k">DOAB Directory of Open Access Books</subfield><subfield code="y">z</subfield><subfield code="z">31-01-23</subfield></datafield><datafield tag="980" ind1=" " ind2=" "><subfield code="2">213</subfield><subfield code="1">01</subfield><subfield code="x">0551</subfield><subfield code="b">4257387947</subfield><subfield code="h">OLR-DOAB</subfield><subfield code="k">DOAB Directory of Open Access Books</subfield><subfield code="y">z</subfield><subfield code="z">01-02-23</subfield></datafield><datafield tag="980" ind1=" " ind2=" "><subfield code="2">230</subfield><subfield code="1">01</subfield><subfield code="x">0552</subfield><subfield code="b">4257636211</subfield><subfield code="h">OLR-DOAB</subfield><subfield code="k">DOAB Directory of Open Access Books</subfield><subfield code="y">z</subfield><subfield code="z">01-02-23</subfield></datafield><datafield tag="980" ind1=" " ind2=" "><subfield code="2">283</subfield><subfield code="1">01</subfield><subfield code="x">3283</subfield><subfield code="b">4258398942</subfield><subfield code="k">Vervielfältigungen (z.B. 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Bioimage Data Analysis Workflows ‒ Advanced Components and Methods |
| abstract |
This open access textbook aims at providing detailed explanations on how to design and construct image analysis workflows to successfully conduct bioimage analysis. Addressing the main challenges in image data analysis, where acquisition by powerful imaging devices results in very large amounts of collected image data, the book discusses techniques relying on batch and GPU programming, as well as on powerful deep learning-based algorithms. In addition, downstream data processing techniques are introduced, such as Python libraries for data organization, plotting, and visualizations. Finally, by studying the way individual unique ideas are implemented in the workflows, readers are carefully guided through how the parameters driving biological systems are revealed by analyzing image data. These studies include segmentation of plant tissue epidermis, analysis of the spatial pattern of the eye development in fruit flies, and the analysis of collective cell migration dynamics. The presented content extends the Bioimage Data Analysis Workflows textbook (Miura, Sladoje, 2020), published in this same series, with new contributions and advanced material, while preserving the well-appreciated pedagogical approach adopted and promoted during the training schools for bioimage analysis organized within NEUBIAS - the Network of European Bioimage Analysts. This textbook is intended for advanced students in various fields of the life sciences and biomedicine, as well as staff scientists and faculty members who conduct regular quantitative analyses of microscopy images |
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This open access textbook aims at providing detailed explanations on how to design and construct image analysis workflows to successfully conduct bioimage analysis. Addressing the main challenges in image data analysis, where acquisition by powerful imaging devices results in very large amounts of collected image data, the book discusses techniques relying on batch and GPU programming, as well as on powerful deep learning-based algorithms. In addition, downstream data processing techniques are introduced, such as Python libraries for data organization, plotting, and visualizations. Finally, by studying the way individual unique ideas are implemented in the workflows, readers are carefully guided through how the parameters driving biological systems are revealed by analyzing image data. These studies include segmentation of plant tissue epidermis, analysis of the spatial pattern of the eye development in fruit flies, and the analysis of collective cell migration dynamics. The presented content extends the Bioimage Data Analysis Workflows textbook (Miura, Sladoje, 2020), published in this same series, with new contributions and advanced material, while preserving the well-appreciated pedagogical approach adopted and promoted during the training schools for bioimage analysis organized within NEUBIAS - the Network of European Bioimage Analysts. This textbook is intended for advanced students in various fields of the life sciences and biomedicine, as well as staff scientists and faculty members who conduct regular quantitative analyses of microscopy images |
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This open access textbook aims at providing detailed explanations on how to design and construct image analysis workflows to successfully conduct bioimage analysis. Addressing the main challenges in image data analysis, where acquisition by powerful imaging devices results in very large amounts of collected image data, the book discusses techniques relying on batch and GPU programming, as well as on powerful deep learning-based algorithms. In addition, downstream data processing techniques are introduced, such as Python libraries for data organization, plotting, and visualizations. Finally, by studying the way individual unique ideas are implemented in the workflows, readers are carefully guided through how the parameters driving biological systems are revealed by analyzing image data. These studies include segmentation of plant tissue epidermis, analysis of the spatial pattern of the eye development in fruit flies, and the analysis of collective cell migration dynamics. The presented content extends the Bioimage Data Analysis Workflows textbook (Miura, Sladoje, 2020), published in this same series, with new contributions and advanced material, while preserving the well-appreciated pedagogical approach adopted and promoted during the training schools for bioimage analysis organized within NEUBIAS - the Network of European Bioimage Analysts. This textbook is intended for advanced students in various fields of the life sciences and biomedicine, as well as staff scientists and faculty members who conduct regular quantitative analyses of microscopy images |
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Addressing the main challenges in image data analysis, where acquisition by powerful imaging devices results in very large amounts of collected image data, the book discusses techniques relying on batch and GPU programming, as well as on powerful deep learning-based algorithms. In addition, downstream data processing techniques are introduced, such as Python libraries for data organization, plotting, and visualizations. Finally, by studying the way individual unique ideas are implemented in the workflows, readers are carefully guided through how the parameters driving biological systems are revealed by analyzing image data. These studies include segmentation of plant tissue epidermis, analysis of the spatial pattern of the eye development in fruit flies, and the analysis of collective cell migration dynamics. The presented content extends the Bioimage Data Analysis Workflows textbook (Miura, Sladoje, 2020), published in this same series, with new contributions and advanced material, while preserving the well-appreciated pedagogical approach adopted and promoted during the training schools for bioimage analysis organized within NEUBIAS - the Network of European Bioimage Analysts. This textbook is intended for advanced students in various fields of the life sciences and biomedicine, as well as staff scientists and faculty members who conduct regular quantitative analyses of microscopy images</subfield></datafield><datafield tag="540" ind1=" " ind2=" "><subfield code="a">Creative Commons</subfield><subfield code="f">by/4.0</subfield><subfield code="2">cc</subfield></datafield><datafield tag="546" ind1=" " ind2=" "><subfield code="a">English</subfield></datafield><datafield tag="650" ind1=" " ind2="4"><subfield code="a">Cellular biology (cytology)</subfield></datafield><datafield tag="650" ind1=" " ind2="4"><subfield code="a">Molecular biology</subfield></datafield><datafield tag="650" ind1=" " ind2="4"><subfield code="a">Analytical chemistry</subfield></datafield><datafield tag="650" ind1=" " ind2="4"><subfield code="a">Biology, life sciences</subfield></datafield><datafield tag="700" ind1="1" ind2=" "><subfield code="a">Miura, Kota</subfield><subfield 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