Neue Sequenziertechnologien: ein kurzer Vergleich / Next-generation sequencing: a short comparison
In den letzten 3 Jahren hat sich der Markt im Bereich der Sequenzierung völlig verändert. Durch die neuen Technologien der sog. Next Generation Sequencer können Sequenzrohdaten im Gigabasenbereich in wenigen Tagen generiert werden. Während früher die Produktion der Daten einen großen Kostenfaktor in...
Ausführliche Beschreibung
Gespeichert in:
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Walter de Gruyter ; 2009 |
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In den letzten 3 Jahren hat sich der Markt im Bereich der Sequenzierung völlig verändert. Durch die neuen Technologien der sog. Next Generation Sequencer können Sequenzrohdaten im Gigabasenbereich in wenigen Tagen generiert werden. Während früher die Produktion der Daten einen großen Kostenfaktor in einem Sequenzierprojekt darstellte, so ist heute die bioinformatische Auswertung die wesentliche Herausforderung. Die Leselänge macht den Unterschied zwischen den Technologien für die bioinformatische Analyse aus. Sie variiert z.B. bei den Short-read-Technologien von 36 bis 100 Basen (Illumina Genome Analyzer II, Applied Biosystems SOLiD System), über ca. 250 bzw. 400 Basen (Roche Diagnostics GS FLX) bis zu 1100 Basen der klassischen Sangertechnologien (z.B. Applied Biosystems 3730XL). Der Erfolg eines Sequenzierprojektes wird bestimmt von der richtigen Wahl der zur Verfügung stehenden Sequenziermethoden oder deren Kombination sowie der anschließenden bioinformatischen Analyse mit geeigneten Programmen. During the last 3 years the sequencing market has completely changed. New technologies in the so-called next-generation sequencers can produce gigabases of sequence raw data in only a few days. In the past, data production represented the greatest cost factor in a sequencing project. At present, bioinformatic analysis represents a challenge. The main difference between technologies in influencing bioinformatic analysis is the read length. The classical Sanger system produces a read length of 1100 bases on average, whereas that of next-generation instruments is 250–400 bases (Roche/454 GS FLX sequencer) or 36–100 bases (Illumina/Solexa genome analyzer; Applied Biosystems SOLiD). To ensure the success of a sequencing project and to maximize the information obtained, it is necessary to choose optimal next-generation technology or a combination of technologies followed by bioinformatic analysis in a sequential approach using state-of-the-art analysis tools. ©2009 by Walter de Gruyter Berlin New York |
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In den letzten 3 Jahren hat sich der Markt im Bereich der Sequenzierung völlig verändert. Durch die neuen Technologien der sog. Next Generation Sequencer können Sequenzrohdaten im Gigabasenbereich in wenigen Tagen generiert werden. Während früher die Produktion der Daten einen großen Kostenfaktor in einem Sequenzierprojekt darstellte, so ist heute die bioinformatische Auswertung die wesentliche Herausforderung. Die Leselänge macht den Unterschied zwischen den Technologien für die bioinformatische Analyse aus. Sie variiert z.B. bei den Short-read-Technologien von 36 bis 100 Basen (Illumina Genome Analyzer II, Applied Biosystems SOLiD System), über ca. 250 bzw. 400 Basen (Roche Diagnostics GS FLX) bis zu 1100 Basen der klassischen Sangertechnologien (z.B. Applied Biosystems 3730XL). Der Erfolg eines Sequenzierprojektes wird bestimmt von der richtigen Wahl der zur Verfügung stehenden Sequenziermethoden oder deren Kombination sowie der anschließenden bioinformatischen Analyse mit geeigneten Programmen. During the last 3 years the sequencing market has completely changed. New technologies in the so-called next-generation sequencers can produce gigabases of sequence raw data in only a few days. In the past, data production represented the greatest cost factor in a sequencing project. At present, bioinformatic analysis represents a challenge. The main difference between technologies in influencing bioinformatic analysis is the read length. The classical Sanger system produces a read length of 1100 bases on average, whereas that of next-generation instruments is 250–400 bases (Roche/454 GS FLX sequencer) or 36–100 bases (Illumina/Solexa genome analyzer; Applied Biosystems SOLiD). To ensure the success of a sequencing project and to maximize the information obtained, it is necessary to choose optimal next-generation technology or a combination of technologies followed by bioinformatic analysis in a sequential approach using state-of-the-art analysis tools. ©2009 by Walter de Gruyter Berlin New York |
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In den letzten 3 Jahren hat sich der Markt im Bereich der Sequenzierung völlig verändert. Durch die neuen Technologien der sog. Next Generation Sequencer können Sequenzrohdaten im Gigabasenbereich in wenigen Tagen generiert werden. Während früher die Produktion der Daten einen großen Kostenfaktor in einem Sequenzierprojekt darstellte, so ist heute die bioinformatische Auswertung die wesentliche Herausforderung. Die Leselänge macht den Unterschied zwischen den Technologien für die bioinformatische Analyse aus. Sie variiert z.B. bei den Short-read-Technologien von 36 bis 100 Basen (Illumina Genome Analyzer II, Applied Biosystems SOLiD System), über ca. 250 bzw. 400 Basen (Roche Diagnostics GS FLX) bis zu 1100 Basen der klassischen Sangertechnologien (z.B. Applied Biosystems 3730XL). Der Erfolg eines Sequenzierprojektes wird bestimmt von der richtigen Wahl der zur Verfügung stehenden Sequenziermethoden oder deren Kombination sowie der anschließenden bioinformatischen Analyse mit geeigneten Programmen. During the last 3 years the sequencing market has completely changed. New technologies in the so-called next-generation sequencers can produce gigabases of sequence raw data in only a few days. In the past, data production represented the greatest cost factor in a sequencing project. At present, bioinformatic analysis represents a challenge. The main difference between technologies in influencing bioinformatic analysis is the read length. The classical Sanger system produces a read length of 1100 bases on average, whereas that of next-generation instruments is 250–400 bases (Roche/454 GS FLX sequencer) or 36–100 bases (Illumina/Solexa genome analyzer; Applied Biosystems SOLiD). To ensure the success of a sequencing project and to maximize the information obtained, it is necessary to choose optimal next-generation technology or a combination of technologies followed by bioinformatic analysis in a sequential approach using state-of-the-art analysis tools. ©2009 by Walter de Gruyter Berlin New York |
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